Para além das análises efectuadas em laboratório externo, a SIMLIS tem um laboratório interno de qualidade, instalado na ETAR de Olhalvas, que permite fazer análises ao afluente e efluente tratado nas diversas ETARS.

No laboratório instalado na ETAR de Olhalvas são diariamente determinados os parâmetros físico-químicos, de todas as ETAR em exploração pela SIMLIS, designadamente o pH, a Carência Química e Bioquímica de Oxigénio, os Nitratos, o Fósforo, a Amónia, o Azoto total e os sólidos suspensos totais. Estes parâmetros são determinados não só ao afluente e efluente mas também em outros pontos do processo de tratamento, de forma a aferir a eficiência das várias fases do processo de tratamento e principalmente assegurar uma boa qualidade do efluente devolvido ao rio.

Uma componente importante do controlo analítico é aquele que é efectuado em laboratório externo, de forma a garantir o cumprimento da legislação em vigor e que semestralmente determina os parâmetros qualitativos das lamas resultantes do processo de tratamento, a aplicar na agricultura, bem como dos solos onde estas são aplicadas. Desta forma é possível garantir a protecção dos solos, das plantas e das pessoas.

O controlo de qualidade nas várias ETAR, das lamas e do biogás produzidos, bem como dos solos, têm como grande objectivo não só o cumprimento da legislação em vigor e do regulamentado nas licenças de descarga, mas principalmente a preocupação constante com a protecção do meio e das pessoas.